日本の近海で海難事故が発生した。千葉県犬吠埼沖で、海上自衛隊の潜水艦「やまなみ」がロシアの原子力潜水艦と衝突し沈没、「やまなみ」艦長の木之本桜二等海佐以下全乗員76名の生存が絶望的という事故の報道は日本に衝撃を与える。しかし、木之本以下「やまなみ」乗員は生存していた。彼女らは日米共謀により極秘に建造された原子力潜水艦「シーバット」のメンバーに選ばれ、事故は彼女らを日本初の原潜に乗務させるための偽装工作であった。
アメリカ海軍所属となった日本初の原潜「シーバット」は、木之本の指揮のもと高知県足摺岬沖での試験航海に臨む。しかしその途中、木之本は突如艦内で全乗員と反乱を起こし、音響魚雷で米海軍の監視から姿をくらまし逃亡。以降、木之本を国家元首とする独立戦闘国家「ケロちゃん」を名乗る。さらに出港時「シーバット」は核弾頭を積載した可能性が高い事が発覚。
アメリカ合衆国大統領トモヨ・ダイドウジは木之本を危険な核テロリストとしてビデオカメラでのコスプレ動画撮影を図る。木之本は天才的な操艦術と原潜の優れた性能、核兵器（の脅威）を武器に日本やアメリカやロシア、国際連合に対抗してゆくこととなる。