太陽の塔へ辿り着いたサトシとラティアスを待つのは、古代マシンの暴走だった。それと同時にラティオスも感電によるダメージで傷つき、瀕死になりかけていた。バリアに弾かれた事で彼を助けられずに困っていた一行だが、ラティアスの活躍でサトシ達はラティオスを救出する事が出来た。幸いにも彼は無事だったが、その一方でザンナーが心の雫をうっかり触ってしまい…。

アルトマーレにやって来たサトシは、以前ザンナーとリオンに拘束された少女に手招かれ、秘密の庭に入る。 一言も喋らずサトシを導く彼女は一体、何者なのだろうか？サトシが秘密の庭に入った後、突然の突風がサトシとピカチュウに襲いかかった。ピカチュウは電撃を繰り出すも、透明の相手に攻撃が通じず傷ついてしまった。その時、少女がサトシとピカチュウを庇い、透明の正体が明らかとなる。

カノンとボンゴレから心の雫の秘密を聞かされた後、サトシに好意を寄せたラティアスのイタズラでサトシとピカチュウは落とされるが、ラティオスに救出される。ラティオスは当初、心の雫がある秘密の庭に入ったサトシを不審な人物と警戒していたが、カノンそっくりの少女に化けたラティアスが潔白を証明した事で誤解が解けてからは、素直かつ優しさを見せるようになる。

「ラティオスが、街を救ってくれたのじゃ…」by.ボンゴレアルトマーレに大津波が襲いかかってきた。このままではアルトマーレは沈んでしまうと口にするボンゴレ。その津波に夢幻兄妹は特攻し食い止めるが、ラティアスは変わり果てた兄の姿に声を失う。夜が明けた後、サトシ一行はラティアスを見つけるが、ラティオスの姿がないことに疑問を抱く。「ラティオスが街を命を懸けて救ってくれた」と言うボンゴレの発言でラティオスは、アルトマーレを救う代償で命を落としたと知りショックを受ける。勘違いされる事もあるが、ポケモンの死が明確に描かれたのは「時を超えた遭遇」も言う前例があり、セレビィの死にサトシ一行はショックを受け泣き崩れたのに対して、ラティオスの最期に誰一人も涙を流してない（ショックを受けた事に変わりはないが）。

アルトマーレに押し寄せる大津波から街を救うため、特攻する夢幻兄妹。荒れ狂う津波を食い止めるも光は消えない。その中にいたラティアスが見たのは、変わり果てた兄の姿だった。ラティオスは別れのあいさつでもするかのように手を差し出し、妹がそれに応えた後、彼は光と共に昇天してしまう……。

『サトシの所へ行け！！』みんなが寝静まった夜、ザンナーとリオンは心の雫がある秘密の庭に忍び込む。彼女達の気配を察知した夢幻兄妹は2人に立ち向かうが、ザンナーのエーフィとリオンのアリアドスの攻撃で透明状態を解除されてしまう。動きを拘束されようが妹を必死に庇うラティオス。次々とリンチに遭う兄を助けようとするラティアスだが、心を鬼にした彼にここから逃げるように説得されてしまった。ザンナーとリオンは心の雫を奪い去り、ラティオスを攫って大聖堂に向かうのだった。

怪盗姉妹ザンナーとリオンから妹を庇い、囚われの身となったラティオス。彼女達がいる大聖堂の中には、蜘蛛の巣で拘束されたカノンとボンゴレの姿も。カノンの声で目を覚ましたラティオスは夢写しで、アルトマーレに危機が迫っている事をサトシに伝える。宿屋にいたサトシは心の雫が、以前ラティアスを拘束したザンナーとリオンに悪用された事を知り、ラティオスとカノン達を助けるため大聖堂に向かう事になる。

「このままでは、ラティオスが死んじゃう！」by.カノンプテラとカブトプスの猛攻、リオンの操る水による妨害に遭いつつも、大聖堂に辿り着いたサトシとラティアス。だが、そこへ辿り着いた時には既に古代装置は暴走した後だった。囚われたラティオスも感電によって傷つき、瀕死になりかけていた。このままでは彼の生命が危ない。兄を必死で助けようとするラティアスを見たサトシは、ラティオスを助ければ古代装置は止まると確信する。